湖州市吴兴区综合行政执法局，内设7个科室和1个直属中队，下设2个事业单位，在各乡镇街道派驻14个属地中队。全区综合行政执法系统共有执法队员1150人，局本级324人（行政编制8人、参公编制117人、事业编制46人）。

吴兴区综合行政执法局作为吴兴区人民政府在相对集中行使行政处罚权的工作部门，履行21个方面512项行政处罚权。目前已完成12个方面239项行政事项划转，包括建设、城乡规划、环保、工商、公安、水利、人防、发改委等方面法律、法规、规章规定的全部或部分行政处罚权及相关行政监督检查、行政强制职权（其他处罚权根据市政府安排适时全部划转）。统筹推进全区深化行政执法体制改革，牵头协调和解决“部门专业执法+综合行政执法+联合执法”体系建设中存在的突出问题。

吴兴区综合行政执法局以“湖州做第一、全省争一流、全国有影响”为目标，全力巩固“全国文明城市创建”成果，全市率先开展“非现场性”执法工作，大力推动执法信息化建设，近三年一般程序案件数量始终位列全市第一。同时着力打造机关党建及家规家训示范点，获得集体二等功2次、集体嘉奖1次，国家、省、市、区级以上各类先进或荣誉称号83人次，立功、嘉奖33人次，连续四年获市对区考核一等奖，综合执法水平和群众满意度得到不断提升。